回到宮里，埃赫那吞悶悶不樂，王后涅菲爾提問他為什么這樣不高興，他便把老法老和王后勸他的事情說了，涅菲爾提王后想了一下，便對埃赫那吞說：“如果這樣，我勸陛下還是暫緩行事吧”。埃赫那吞說：“僧侶的反對是意料之中的，但對我的行動如此不滿卻沒想到。收回成命，他們自然滿意，但我自己的面子、權威卻在天下人面前丟盡了。況且僧侶們也未必就此罷休，他們心里藐視我的懦弱。既為一國之君，就需言必行，行必果。我得罪了阿蒙神的僧侶就得罪到底，但同時也取得了阿吞神僧侶的贊同，有得必有失。而且以赫倫希布的將領為首向我表示效忠，他們不滿僧侶們所做所為。

　　有軍隊和手下一班人馬，就不怕這幫裝神弄鬼的人興風作浪。”涅菲爾提見埃赫那吞決心已定，就不再勸了。第二天埃赫那吞當著文武百官發布命令：“由于阿吞神的感召和阿蒙神廟祭司拒不服從我的命令，自本日起關閉全國各地非阿吞神的神廟，將僧侶趕出廟門回家，還俗為民。一切公共建筑物和紀念物上的阿蒙的名字必須徹底清除。在全國各個城市必須建起至少一座阿吞神廟，各級地方官員要帶頭向我的父親阿吞神獻祭、宣誓、永遠忠于英明、偉大的造物主阿吞。”接著，埃赫那吞又宣布：已沒收的其他神廟的土地劃歸阿吞神廟，禁止僧侶參政。首都遷往底比斯以北３００公里的希爾摩。

　　為新都取名‘埃赫塔吞’，意為‘阿吞的地界’。讓麻伊負責營建新都，赫倫希布負責取締一切非阿吞崇拜。各級官員必須聽從調遣，消極怠工或拒不服從者必嚴加懲處。文武百官聽罷，個個目瞪口呆。埃赫那吞視若無睹，揮手道：“此令已出，理解要執行，不理解亦要執行。”隨后離開御座，轉身退朝。。當天下午，大批軍隊分頭查抄了底比斯的各大阿蒙神廟，強行將僧侶們趕出廟門。死活不愿走的被士兵生拉硬拖至門外。

　　許多僧侶背著行李卷離開多年生活的廟宇時熱淚盈眶，內心里痛罵埃赫那吞。阿吞廟的僧侶則輕松愉快，接管了阿蒙神廟的大批田產、奴隸和其它財產。埃赫那吞在位第六年，動員幾十萬勞工建設的新都埃赫塔吞落成，包括宏偉的王宮、高官顯貴的住宅、可與底比斯阿蒙神廟媲美的阿吞神廟、部隊營房。埃赫那吞由祭司選出個良辰吉日，率領滿朝文武官員，并帶各自家眷奴仆，以及保衛京師的衛戍部隊，浩浩蕩蕩遷往新都。埃赫那吞遷入新宮后便無心朝政，整天陶醉在宗教生活和宮廷生活中，政事由麻伊掌管，軍事托付給赫倫希布。這倆人因為與阿蒙僧侶貴族有利害沖突，因而很是賣力。

　　埃赫那吞本人則疏于朝政，對下放松監督，于是統治日益松弛，國家機器像一駕陳舊的馬車，雖能運行，但到處吱嘎亂響，運轉不暢。底比斯的僧侶仍然明里暗里結集，舉行向阿蒙神的獻祭活動。起初，各個城市的長官還嚴辦違令者，但久禁不止之后也就索性睜一眼閉一眼，更關心的是中飽私囊了。老百姓受租稅和服勞役的雙重壓迫，牢騷滿腹。新王國充滿了危機，但埃赫那吞卻脫離現實，繼續生活在他自己的理想境界當中。他自認為是阿吞神同人間聯系的唯一使者，夫婦兩人每日上午帶著子女去神廟禱告、獻祭，下午便呆在宮內玩樂。埃赫那吞酷愛頌歌和雕刻藝術，麻伊為首的一幫文人投其所好，創造出一首首吹捧阿吞和法老的詩，什么：“由于您的英明，到處都是一片祥和；”什么“您像阿吞一樣圣明，人們只要遵照您的教導，就會過上幸福的生活。”每當他聽到這些頌詞時，便十分的高興。但是那些仇恨埃赫那吞改革的阿蒙神廟的僧侶們，卻在一直在找機會想刺殺埃赫那吞。

　　一天，埃赫那吞和老皇后同坐一車去阿吞廟祭神。他心情愉快，一路對母親介紹街邊的景物。突然馬車停了下來，埃赫那吞朝前看去，原來是一個人攔住了車隊。衛士長上前詢問，這個人說有冤狀上告。埃赫那吞讓那青年到自己車邊來，由書吏長麻伊代他接收。這個人跪行到國王所坐的馬車輪下。麻伊則從馬上俯身剛要去接狀紙，說時遲那時快，這一青年一躍而起，從紙卷中抽出一把鋒利的青銅短刀，向車上的法老胸部猛刺過去。“啊！”埃赫那吞本能地驚叫一聲，又本能地向后閃去，老太后嚇得當時就昏過去了。就在這千鈞一發之際，車右側的衛士橫轉過青銅矛，狠勁捅向刺客的后背。矛頭破腔而入，刺客未及刺到法老便沉重地倒了下去，恰好壓在法老的身上，那刀尖幾乎碰到法老的鼻子。國王遇刺的消息很快偉開，阿蒙神廟的僧侶們借機又放出風來說：“這是阿蒙神對法老的一次警告，假如他還要倒行逆施，就要受到更嚴厲的懲罰。”一時間，埃及全國上下一片人心惶惶。

　　王后涅菲爾提憂心仲仲勸埃赫那吞不要再這樣下去了。不料，埃赫那吞大發脾氣，將王后斥責了一通。王后傷心極了，便帶著孩子回到了底比斯，直到死后，夫妻二人也沒有再見一面。公元前１３２６年，埃赫那吞在眾叛親離中去世。王后涅菲爾提未能饒恕他，沒有出席他的葬禮。剛剛９歲的吐坦哈吞即位。以麻伊為首的大臣們上表一致要求將首都遷回底比斯。不久，新國王頒布命令，將首都遷回底比斯，為阿蒙神廟僧侶徹底平反，歸還廟宇財產，由國庫對一些被處死的僧侶的家屬和致殘的僧侶進行賠償。在僧侶的壓力下，吐坦哈吞（意即阿吞的鮮活形象）的名字也改為吐坦卡蒙（阿蒙的鮮活形象）。吐坦卡蒙１８歲就突然死了。奇怪的是昔日的臣子麻伊卻成了法老。沒有多久赫倫希布又依仗軍隊奪取了王位。埃赫塔吞城被宣布為“邪惡的地方，漸漸變成了一片廢墟。